Etude d'une collection de pommes de terre (Solanum tuberosum spp tuberosum L.) native de Chiloé (Chili) : Conservation in situ, Diversité morphologique et génétique, Comportement vis-à-vis de Phytophtora infestans
Résumé
The overall objective was to assess the genetic diversity of a collection of native potato varieties originating from the island of Chiloe, to characterize the resistance of these varieties to late blight (Phytophthora infestans) and to inquire about the status of in-situ conservation. The following specific topics was developed: a) conservation in-situ of native Solanum within the great isle of Chiloe and its impact on diversity, b) evaluation of the morphological diversity of the native potatoes that we have collected c) assessment of genetic diversity of the collection by the mean of microsatellite and AFLP markers, d) characterization of field and in-vitro resistances to late blight. Based on the results of the surveys, we can conclude that in-situ maintenance of native potato diversity i is not well preserved, due to strong social and economic changes on the island of Chiloe. There is a clear process of replacing native varieties for commercial cultivars in response to market conditions. Native varieties are present in 80.5% of the farms of Chiloe, but the diversity of varieties has been significantly reduced. The results morphological diversity showed the formation of groups under the popular name and local attributes assigned by the farmers themselves. Molecular evaluation of the collection (SSRs and AFLP) reveals a high degree of genetic diversity. Both markers were consistent in classifying Solanum fernandezianum as the more distant genotype compared to all the others. The SSRs allowed the estimation of the polymorphic information content for seven loci which values ranged between 0.63 to 0.89. Both types of markers, did not provide the same groupings among the accessions. The SSR-based study showed a low differentiation between native potatoes and improved cultivated varieties. The analysis of diversity based on the AFLP was not inconsistent with this result because despite containing only one cultivar (Desiree), the cultivar was grouped with the native varieties. In relation to resistance to late blight, most accessions of native potato fall into the ranks moderately resistant to moderately susceptible.
L'objectif global était d'évaluer la diversité génétique d'une collection de variétés de pommes de terre indigènes originaires de l'île de Chiloé, pour caractériser la résistance de ces variétés au mildiou (Phytophthora infestans) et pour en savoir davantage sur l'état de conservation in-situ. Les sujets suivants a été élaboré: a) la conservation in situ de Solanum indigènes à l'île la grande de Chiloé et son impact sur la diversité, b) l'évaluation de la diversité morphologique des pommes de terre indigènes que nous avons recueillis c) l'évaluation de la diversité génétique par marqueurs microsatellites et AFLP, d) la caractérisation du terrain et des résistances in-vitro au mildiou. Sur la base des résultats des enquêtes, nous pouvons conclure que le maintien in situ de la diversité de pommes de terre indigènes n' est pas bien conservé, en raison des forts changes sociaux et économiques sur l'île de Chiloé. Il y a un processus clair de remplacer les variétés indigènes pour les cultivars commerciaux en réponse aux conditions du marché. Les variétés natives sont présents dans 80,5% des fermes de Chiloé, mais la diversité a été considérablement réduite. Les résultats de la diversité morphologique ont montré la formation de groupes sous le nom populaire et des attributs locaux affectés par les agriculteurs eux-mêmes. L'évaluation moléculaire de la collection (SSRs et AFLP) révèle un haut degré de diversité génétique. Les deux marqueurs ont été uniformes dans la classification Solanum fernandezianum comme le génotype plus éloigné. La SSR a permis l'estimation de la teneur des informations polymorphes pour sept loci dont les valeurs se situaient entre 0,63 à 0,89. Les deux types de marqueurs, n'a pas fourni les mêmes groupes parmi les accessions. L'étude SSR basé a montré une faible différenciation entre les pommes de terre indigènes et l'amélioration des variétés cultivées. L'analyse de la diversité sur la base des AFLP n'était pas incompatible avec ce résultat parce que, malgré contenant un seul cultivar (Désirée), le cultivar a été regroupée avec les variétés indigènes. En ce qui concerne la résistance au mildiou, la plupart des accessions sont dans les rangs modérément résistante à modérément sensible.
Origine : Version validée par le jury (STAR)
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