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Theses

Kernel functions for molecular structures and their application to virtual screening with Support Vector Machines

Pierre Mahé
Résumé : La recherche thérapeutique a de plus en plus recours à des techniques de modélisation, dites de criblage virtuel, visant à corréler la structure d'une molécule avec ses propriétés biologiques. En particulier, l'utilisation de modèles prédictifs quantifiant la toxicité d'une molécule ou son activité vis à vis d'une cible thérapeutique, permet de réduire de manière considérable le temps et les coûts nécessaires à la mise au point de nouveaux médicaments. Nous nous proposons d'aborder ce problème dans le cadre des méthodes à noyaux, qui permettent de construire de tels modèles de manière efficace dès lors que l'on dispose d'une fonction noyau mesurant la similarité des objets que l'on considère. Plus particulièrement, l'objet de cette thèse est de définir de telles fonctions noyaux entre structures bi- et tri-dimensionnelles de molécules. D'un point de vue méthodologique, ce problème se traduit respectivement comme celui de comparer des graphes représentant les liaisons covalentes des molécules, ou des ensembles d'atomes dans l'espace. Plusieurs approches sont envisagées sur la base de l'extraction et la comparaison de divers motifs structuraux qui permettent d'encoder les groupes fonctionnels des molécules à différents niveaux de résolution. Les validations expérimentales suggèrent que cette méthodologie est une alternative prometteuse aux approches classiques en criblage virtuel.
Document type :
Theses
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https://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00002191
Contributor : Ecole Mines Paristech <>
Submitted on : Monday, February 19, 2007 - 8:00:00 AM
Last modification on : Friday, October 23, 2020 - 4:48:30 PM
Long-term archiving on: : Thursday, September 30, 2010 - 7:58:36 PM

Identifiers

  • HAL Id : pastel-00002191, version 1

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Citation

Pierre Mahé. Kernel functions for molecular structures and their application to virtual screening with Support Vector Machines. Mathematics [math]. École Nationale Supérieure des Mines de Paris, 2006. English. ⟨pastel-00002191⟩

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