Déséquilibre de liaison et cartographie de QTL en population sélectionnée
Résumé
Linkage disequilibrium (LD) is due to non random associations between alleles at two loci. It has become a classical tool to fine map loci implied in quantitative trait (Quantitative Trait Loci, QTL) determinism, through identification of the maxima of LD between alleles of a marker locus (or a group of marker loci) and a locus involved in the variability of a quantitative trait. The creation and intensity of LD evolves according to the evolutionary forces affecting the population. Among these forces, random drift and selection are particularly present in livestock populations. This PhD thesis aimed to study the influence of selection on the structure of LD around a QTL, as well as its impact on the precision on the fine mapping of QTL. A software has been developed to simulate the evolution of populations. Starting from a population in linkage equilibrium, LD due to evolutionary forces is created over historical generations. QTL detection is applied to the next generations where the pedigree is known. The main experimental designs applied in livestock populations are implemented in the software. All data used for the further analysis of this work were obtained from this simulation program. We first analyzed LD in the neighbourhood of the QTL by recording the location of the marker in maximum LD with the QTL. LD was estimated with two classical measures: D' and
Par définition le déséquilibre de liaison (Linkage Disequilibrium, LD) décrit les associations préférentielles entre allèles de deux locus. Ce concept est devenu un outil indispensable pour la cartographie fine de locus quantitatifs (QTL), par l'identification de déséquilibres d'associations entre allèles à un locus marqueur (ou à un ensemble de locus marqueurs) et à un locus impliqué dans la variation d'un caractère quantitatif. La création et l'intensité du LD sont dépendantes des forces évolutives qui ont construit la population. Parmi ces forces, la dérive génétique et la sélection sont particulièrement actives dans les populations d'animaux de rente. Cette thèse a pour but d'étudier l'influence de la sélection sur la structure du déséquilibre de liaison autour d'un locus quantitatif, ainsi que son impact sur la précision de cartographie fine des QTL. Un logiciel de simulation de populations a été développé dans le cadre de la thèse. A partir d'une population en équilibre de liaison, il permet de générer du LD dans des générations dites historiques, grâce à différentes forces évolutives. La détection de QTL est appliquée aux générations suivantes, de généalogie connue. Pour ces dernières générations, les principaux dispositifs de détection de QTL de génétique animale sont décrits dans le simulateur. Les données exploitées dans cette thèse sont issues de ce logiciel. Le LD a été mesuré par le D' et le
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