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Theses Year : 2009

Fine mapping of female fertility qtl in french dairy cattle

Cartographie fine de qtl de fertilite femelle chez les bovins laitiers franÇais

Slim Ben Jemaa
  • Function : Author
  • PersonId : 873491

Abstract

The aim of this thesis was to map finely female fertility (FF) QTL in the three main French dairy cattle breeds Prim'Holstein, Normande and Montbeliarde. The first step consisted in detecting QTL on 78 families in 12 genomic regions. Six FF QTL were found in Prim'Holstein and two in Normande breeds. In the second step of the study, the QTL on bovine chromosomes BTA01, BTA02, BTA03 and BTA21 were mapped on a sub-sample of 41 families and the confidence interval for BTA01 and BTA03 QTL was reduced. Using a set of 437 SNP, the QTL location interval on BTA03 was reduced to a few centimorgans allowing us to select six candidate genes, which were partially sequenced for four DNA pools belonging to individuals with extreme phenotypes in order to find some intersting polymorphisms which can be validated on the whole pedigree. Several SNPs corresponding to the a priori status of the individuals for the QTL, were found in most of the candidate genes. However, since a bovine SNP chip with 54 000 SNP became available, no further validation step was carried out. Based on fine mapping results, overrepresentation, with regard to the whole bovine genome, of genes located in QTL confidence intervals involved in biological functions in connection with reproduction, were checked. These results were also used to identify positional candidate genes that may influence dairy cattle FF.
L'objectif de la thèse est la cartographie fine de QTL de fertilité femelle (FF) chez les races bovines Françaises : la Prim'Holstein (PH), la Normande (NO) et la Montbéliarde (MO). La première étape du projet consiste en une primo-localisation, sur un dispositif de 78 familles, de QTL de FF dans 12 régions génomiques. Six QTL de FF ont été détectés chez la PH et deux chez la NO. La deuxième étape consiste en une cartographie des QTL détectés sur les chromosomes BTA01, BTA02, BTA03 et BTA21 sur un échantillon de 41 familles des trois races. La localisation de ces QTL a été confirmée et précisée pour les QTL détectés sur les chromosomes BTA01 et BTA03. Le QTL sur le chromosome BTA03 a été finement cartographié en utilisant 437 SNP ce qui a permis de réduire son intervalle de localisation à quelques centimorgans et de sélectionner six gènes candidats. Les régions flanquant les exons de ces six gènes ont été séquencées sur quatre pools d'ADN d'individus de phénotypes extrêmes afin de trouver des polymorphismes intéressants dans les régions séquencées qui pourront ensuite être validés sur l'ensemble du dispositif. La mise à disposition récente d'une puce de 54000 SNP situés dans tout le génome bovin a changé la stratégie de cartographie de QTL de FF. Des gènes pouvant influencer la FF ont été sélectionnés et suggérés comme étant des gènes candidats positionnels et fonctionnels responsables de la dégradation de la FF chez les bovins laitiers.
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Dates and versions

pastel-00005162 , version 1 (27-05-2009)

Identifiers

  • HAL Id : pastel-00005162 , version 1

Cite

Slim Ben Jemaa. Fine mapping of female fertility qtl in french dairy cattle. Life Sciences [q-bio]. AgroParisTech, 2009. English. ⟨NNT : 2009AGPT0012⟩. ⟨pastel-00005162⟩

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