, Environmental Protection, Proceedings of the 2nd International Nitrogen Conference on Science and Policy. The Scientific World, pp.10-16

F. Barataud, Construction d'une typologie des aires d'alimentation de Captages dites « Grenelle ». Rapport final convention ONEMA-INRA, p.31, 2013.

F. Barataud, C. Aubry, A. Wezel, and P. Mundler, Management of drinking water catchment areas in cooperation with agriculture and the specific role of organic farming. Experiences from Germany and France, Land Use Policy, vol.336, pp.585-594, 2014.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01004351

F. Barataud, A. Durpoix, and C. Mignolet, Analyse multi-variée des Aires d'Alimentation de Captage dites Grenelle. Programme PIREN-Seine, p.19, 2013.

L. Barbut and J. Baschet, L'évaluation des politiques de soutien de l'agro-environnement, Notes et Etudes Economiques, pp.37-68, 2005.

N. Beaudoin, J. K. Saad, C. Van-laethem, J. M. Machet, J. Maucorps et al., Nitrate leaching in intensive agriculture in Northern France: Effect of farming practices, soils and crop rotations, Ecosystems & Environment, vol.111, pp.292-310, 2005.

P. Beauduc, G. Rampon, and D. Rousselot, Carte de vulnérabilité des eaux souterraines à la pollution, 1981.

V. Beaujouan, P. Durand, and L. Ruiz, Modelling the effect of the spatial distribution of agricultural practices on nitrogen fluxes in rural catchments, Ecological Modelling, vol.137, pp.93-105, 2001.

M. Benoît, Un indicateur des risques de pollution azotée nommé BASCULE (balance azotée spatialisée des systèmes de culture de l'exploitation), Fourrages, vol.129, pp.95-110, 1992.

M. Benoit, J. Deffontaines, F. Gras, E. Bienaimé, and R. Riela-cossera, Agriculture et qualité de l'eau. Une approche interdisciplinaire de la pollution par les nitrates d'un bassin d'alimentation, Cahiers Agricultures, vol.6, pp.97-105, 1997.

M. Benoit, S. Larramendy, D. Foissy, G. Rouyer, L. Caudy et al., Agriculture biologique et qualité des eaux : depuis des observations et enquêtes à des tentatives de modélisation en situation de polyculture-élevage, Séminaire sur les recherches en Agriculture Biologique INRA-ACTA, pp.293-312, 2005.

M. Benoît, F. Papy, C. Riou, R. Bonhomme, P. Chassin et al., Pratiques agricoles et qualité de l'eau sur le territoire alimentant un captage, L'eau dans l'espace ruralProduction végétale et qualité de l'eau. INRA Editions, pp.323-338, 1997.

M. Benoît and F. Papy, La place de l'agronomie dans la problématique environnementale. Dossier de l'environnement de l, INRA, vol.17, pp.53-62, 1998.

M. Benoît, D. Saintot, and F. Gaury, Mesures en parcelles d'agriculteurs des pertes en nitrates. Variabilité sous divers systèmes de culture et modélisation de la qualité de l'eau d'un bassin d'alimentation. Comptes Rendus de l'Académie d, Agriculture de France, vol.81, pp.175-188, 1995.

L. Bergström, H. Kirchmann, H. Aronsson, G. Torstensson, and L. Mattsson, Use Efficiency and Leaching of Nutrients in Organic and Conventional Cropping Systems in Sweden, Organic Crop Production -Ambitions and Limitations, pp.143-159, 2008.

T. Bertin, J. P. Manteaux, O. Creuse, J. Chaume, J. L. Lapoute et al., Des systèmes d'exploitation à dominante laitière pratiqués en Rhône-Alpes et PACA, Réseau d'élevage, 2005.

A. Biarnès, J. S. Bailly, and Y. Boissieux, Identifying indicators of the spatial variation of agricultural practices by a tree partitioning method: The case of weed control practices in a vine growing catchment, Agricultural Systems, vol.99, pp.105-116, 2009.

A. Biarnès, P. Rio, and A. Hocheux, Analyzing the determinants of spatial distribution of weed control practices in a Languedoc vineyard catchment, Agronomie, vol.24, pp.187-196, 2004.

C. Bockstaller, M. B. Galan, M. Capitaine, B. Colomb, J. Mousset et al., Comment évaluer la durabilité des systèmes en production végétale ?, Systèmes de culture innovants et durables. Quelles méthodes pour les mettre au point et les évaluer ? Educagri éditions, pp.29-51, 2008.

C. Bockstaller and P. Girardin, How to validate environmental indicators, Agricultural Systems, vol.76, pp.639-653, 2003.

C. Bockstaller and P. Girardin, Mode de calcul des indicateurs agri-environnementaux de la méthode INDIGO®, p.117, 2007.

C. Bockstaller, P. Girardin, and H. M. Van-der-werf, Use of agro-ecological indicators for the evaluation of farming systems, Developments in Crop Science, pp.329-338, 1997.

C. Bockstaller, L. Guichard, D. Makowski, A. Aveline, P. Girardin et al., Agrienvironmental indicators to assess cropping and farming systems: a review, Sustainable Agriculture, pp.725-738, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886428

C. Bockstaller, J. Wohlfahrt, A. Hubert, P. Hennebert, F. Zahm et al., Les indicateurs de risque de transfert de produits phytosanitaires et leur validation : exemple de l'indicateur I-Phy. Ingénieries -EAT N° spécial azote, phosphate et pesticides, stratégies et perspectives de réduction des, pp.103-114, 2008.

O. Bommelaer and J. Devaux, Coûts des principales pollutions agricoles de l'eau, Etudes et documents N°52. Service de l'Économie, de l'Évaluation, p.30, 2011.

T. Bonnaud, A. Leseigneur, and C. T. Soulard, Situer le profil des agriculteurs en conversion et leurs attentes. Une étude de cas en Bourgogne, Travaux et Innovations, vol.65, pp.19-23, 2000.

J. Brossier and M. Petit, Pour une typologie des exploitations agricoles fondée sur les projets et les situations des agriculteurs, Économie rurale, vol.122, pp.31-40, 1977.

G. Brunschwig, E. Josien, and C. Bernhard, Contraintes géographiques et modes d'utilisation des parcelles en élevage bovin laitier et allaitant, Fourrages, vol.185, pp.83-95, 2006.

D. Buck, C. Getz, and J. Guthman, From Farm to Table: The Organic Vegetable Commodity Chain of Northern California, Sociologia Ruralis, vol.37, pp.3-20, 1997.

J. P. Butault, C. A. Dedryver, C. Gary, L. Guichard, F. Jaquet et al., Ecophyto R&D. Quelles voies pour réduire l'usage des pesticides ?, Synthèse du rapport de l'étude. INRA, p.92, 2010.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01172967

J. Caplat, Mise en place et analyse d'une collecte de données agro-environnementales sur les pratiques de l'agriculture biologique. FNAB, p.69, 2006.

A. Cardona, L'agriculture à l'épreuve de l'écologisation. Eléments pour une sociologie des transitions, p.408, 2012.

M. Cerf and J. M. Meynard, Enquête sur la mise en oeuvre de la fertilisation raisonnée, Troisième forum de la fertilisation raisonnée. COMIFER, pp.5-12, 1988.

M. Cerf, F. Papy, C. Aubry, and J. M. Meynard, Théorie agronomique et aide à la décision, Modélisation systémique et systèmes agraires. Décisions et organisations. INRA éditions, 1990.

M. Cerf and M. Sebillotte, Approche cognitive des décisions de production dans l'exploitation agricole, 1997.

, Economie rurale, pp.11-18

E. Chantre, Apprentissages des agriculteurs vers la réduction d'intrants en grandes cultures : cas de la Champagne Berrichonne de l'Indre dans les années 1985-2010, AgroParisTech, p.397, 2011.

E. Chantre, M. Cerf, and M. Le-bail, Diagnostic agronomique des trajectoires de changements de pratiques en vue de la réduction d'utilisation de pesticides en grande culture: cas de la Champagne Berrichonne de l'Indre, Actes du colloque de la SFER sur la réduction des pesticides, 2010.

E. Chantre, L. Guichard, M. Gisclard, S. Nave, and F. Jacquet, Une démarche collective de construction de scénarios prospectifs à l'échelle d'aires d'alimentation de captages pour appuyer l'élaboration de plans d'actions en vue d'améliorer la qualité de l'eau, 2012.

M. H. Chatelin, C. Aubry, J. C. Poussin, J. M. Meynard, J. Massé et al., DéciBlé, a software package for wheat crop management simulation, Agricultural Systems, vol.83, pp.77-99, 2005.

F. Coléno, Le pâturage des troupeaux laitiers en questions: contribution d'une analyse des décisions des éleveurs, Fourrages, vol.157, pp.63-76, 1999.

, Schéma d'aménagement et de gestion des eaux Bièvre-Liers-Valloire. Etats des lieux des milieux et des usages. Diagnostic global, p.245, 2010.

C. Compagnone, A. Sigwalt, and J. Pribetich, Pratiques et conceptions des sols d'agriculteurs vendéens, Etude et Gestion des Sols, vol.20, pp.81-95, 2013.

J. C. Comte, O. Banton, A. Villard, F. Kockmann, and G. Creuzot, Evaluation de l'efficacité de différentes stratégies de restauration de la qualité des eaux souterraines par modélisation du transfert des nitrates. Cas des formations alluviales du Val de Saône du secteur de Tournus, Ingénieries -EAT, vol.45, pp.15-28, 2006.

, Des indicateurs azote pour gérer des actions de maîtrise des pollutions à l'échelle de la parcelle, p.112, 2006.

, Les instruments de la gestion durable de l'eau, Cour des comptes, 2010.

B. Cristofini, La petite région vue à travers le tissu de ses exploitations: un outil pour l'aménagement et le développement rural, Etudes et Recherches sur les Systèmes Agraires 6, p.44, 1986.

T. Dalgaard, T. Heidmann, and L. Mogensen, Potential N-losses in three scenarios for conversion to organic farming in a local area of Denmark, European Journal of Agronomy, vol.16, pp.207-217, 2002.

T. Dalgaard, N. J. Hutchings, and J. R. Porter, Agroecology, scaling and interdisciplinarity. Agriculture, Ecosystems & Environment, vol.100, pp.39-51, 2003.

I. Darnhofer, T. Lindenthal, R. Bartel-kratochvil, and W. Zollitsch, Conventionalisation of organic farming practices: from structural criteria towards an assessment based on organic principles. A review, Agron. Sustain. Dev, vol.30, pp.67-81, 2010.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886488

I. Darnhofer, W. Schneeberger, and B. Freyer, Converting or not converting to organic farming in Austria:Farmer types and their rationale, Agriculture and Human Values, vol.22, pp.39-52, 2005.

J. Darré, R. Le-guen, and B. Lemery, , pp.115-122, 1989.

J. P. Darré, Bases théoriques et antécédents de l'étude des formes de connaissance dans les activités pratiques, Le sens des pratiques. Conceptions d'agriculteurs et modèles d'agronomes. INRA Editions, pp.53-57, 2004.

J. P. Darré, La conduite des entretiens et le choix des cas, Le sens des pratiques. Conceptions d'agriculteurs et modèles d'agronomes. INRA Editions, pp.77-84, 2004.

C. David, Grandes cultures biologiques, des systèmes en équilibre instable, Transitions vers l'agriculture biologique. Pratiques et accompagnements pour des systèmes innovants. Educagri-Editions Quae, pp.129-141, 2009.

C. David, Gestion des systèmes céréaliers conduits en agriculture biologique et raisonnement de l'alimentation azotée. Mémoire d'habilitation à diriger des recherches, p.102, 2011.

J. De-wit and H. Verhoog, Organic values and the conventionalization of organic agriculture, NJAS -Wageningen Journal of Life Sciences, vol.54, pp.449-462, 2007.

S. Delmotte, Evaluation participative de scénarios : quelles perspectives pour les systèmes agricoles camarguais ?, p.380, 2011.

S. Delmotte, C. Lacombe, V. Couderc, F. Mailly, J. C. Mouret et al., , 2013.

. Freins, leviers et impacts du développement de l'agriculture biologique en Camargue, Innovations Agronomiques, vol.32, pp.213-226

H. J. Di and K. C. Cameron, Nitrate leaching in temperate agroecosystems: Sources, factors and mitigating strategies, Nutrient Cycling in Agroecosystems, vol.64, pp.237-256, 2002.

A. C. Dockès, Gestion des engrais de ferme : comprendre les attitudes des éleveurs pour bâtir des actions de conseil, Fourrages, vol.140, pp.513-522, 1994.

. Dreal-rhône-alpes, Etat des lieux des pesticides dans les eaux superficielles et souterraines de la région Rhône-Alpes. Année, p.39, 2008.

L. E. Drinkwater, P. Wagoner, M. , and S. , Legume-based cropping systems have reduced carbon and nitrogen losses, Nature, vol.396, pp.262-265, 1998.

P. Durand, Simulating nitrogen budgets in complex farming systems using INCA: calibration and scenario analyses for the Kervidy catchment, Hydrology and Earth System Sciences Discussions, vol.8, pp.793-802, 2004.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00330860

J. R. Fairweather, Understanding how farmers choose between organic and conventional production: Results from New Zealand and policy implications, Agriculture and Human Values, vol.16, pp.51-63, 1999.

R. Faivre, D. Leenhardt, M. Voltz, M. Benoît, F. Papy et al., Spatialising crop models. Agronomie, vol.24, pp.205-217, 2004.

A. Farruggia, M. L. Decau, F. Vertès, and L. Delaby, En prairie, la balance azotée à l'échelle de la parcelle, Fourrages, vol.151, pp.281-296, 1997.

, L'agriculture biologique: l'alternative pour protéger l'eau durablement. Des outils pour susciter et accompagner les changements de pratiques agricoles sur les zones à enjeu eau, FNAB, p.11, 2013.

P. Frederiksen and V. Langer, Localisation and concentration of organic farming in the 1990s. The Danish case, Tijdschrift voor Economische en Sociale Geografie, vol.95, pp.539-549, 2004.

D. Gabriel, S. J. Carver, H. Durham, W. E. Kunin, R. C. Palmer et al., The spatial aggregation of organic farming in England and its underlying environmental correlates, Journal of Applied Ecology, vol.46, pp.323-333, 2009.

G. Géniaux, L. Latruffe, J. Lepoutre, N. Mzoughi, C. Napoléone et al., Les déterminants de la conversion a l'agriculture biologique : une revue de la littérature économique, Projet INRA-AgriBio3 PEPP (Rôle de la performance économique des exploitations et des filières, p.46, 2010.

A. Gibon, Etudier la diversité des exploitations agricoles pour appréhender les transformations locales de l'utilisation de l'espace: l'exemple d'une vallée du versant Nord des Pyrénées centrales, Options Méditerranéennes Série B, pp.197-215, 1999.

N. Girard, Catégoriser les pratiques d'agriculteurs pour reformuler un problème en partenariat. Une proposition méthodologique, Cahiers Agricultures, vol.15, pp.261-272, 2006.

N. Girard, S. Bellon, B. Hubert, S. Lardon, C. Moulin et al., Categorising combinations of farmers' land use practices: an approach based on examples of sheep farms in the south of France, Agronomie, vol.21, pp.435-459, 2001.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886130

N. Girard, M. Duru, L. Hazard, and D. Magda, Categorising farming practices to design sustainable land-use management in mountain areas, Agron. Sustain. Dev, vol.28, pp.333-343, 2008.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886396

R. C. Gogu and A. Dassargues, Current trends and future challenges in groundwater vulnerability assessment using overlay and index methods, Environmental Geology, vol.39, pp.549-559, 2000.

R. Gras, M. Benoit, J. P. Deffontaines, M. Duru, M. Lafarge et al., Le fait technique en agronomie, Activité agricole, concepts et méthodes d'étude. L'Harmattan, 1989.

J. B. Gratecap, A. Wezel, M. Casagrande, and P. Martin, Une typologie d'agriculteurs pour étudier les proximités techniques à l'agriculture biologique à l'échelle d'une zone à enjeu eau, Innovations Agronomiques, vol.32, pp.509-524, 2013.

Y. Guéri, Modifications d'usage des terres pendant la transition vers l'agriculture biologique. Mémoire de fin d'études, AgroParisTech, p.47, 2012.

Y. Guironnet, Les conséquences économiques d'une conversion à l'agriculture biologique simulée pour douze exploitations situées sur deux territoires à enjeu eau. Mémoire de fin d'études, ISARA-Lyon, p.82, 2012.

J. Guthman, Raising organic: An agro-ecological assessment of grower practices in California, Agriculture and Human Values, vol.17, pp.257-266, 2000.

G. Haas, M. Berg, and U. Koepke, Nitrate leaching : comparing conventional, integrated and organic agricultural production systems, Agricultural Effects on Ground and Surface Waters, vol.273, pp.131-136, 2002.

N. Halberg, E. Steen-kristensen, and I. Sillebak-kristensen, Nitrogen turnover on organic and conventional mixed farms, Journal of Agricultural and Environmental Ethics, vol.8, pp.30-51, 1995.

M. D. Hall, M. J. Shaffer, R. M. Waskom, and J. A. Delgado, Regional nitrate leaching variability: what makes a difference in northeastern Colorado, Journal of the American Water Resources Association, vol.37, pp.139-150, 2001.

B. Hansen, H. F. Alrøe, and E. S. Kristensen, Approaches to assess the environmental impact of organic farming with particular regard to Denmark. Agriculture, Ecosystems & Environment, vol.83, pp.11-26, 2001.

B. Hansen, E. S. Kristensen, R. Grant, H. Høgh-jensen, S. E. Simmelsgaard et al., Nitrogen leaching from conventional versus organic farming systems -a systems modelling approach, European Journal of Agronomy, vol.13, pp.65-82, 2000.

B. Hansen, E. Steen, K. Mogensen, and L. Mogensen, The effects of specialisation of organic production systems on nitrogen leaching and nutrient balances, INRA Editions, pp.159-165, 2000.

S. Hénin, Rapport du groupe de travail activités agricoles et qualité des eaux, p.34, 1980.

M. Honisch, C. Hellmeier, and K. Weiss, Response of surface and subsurface water quality to land use changes, Geoderma, vol.105, pp.277-298, 2002.

M. Houdart, Organisation spatiale des activités agricoles et pollution des eaux par les pesticides. Modélisation appliquée au bassin-versant de la Capot, p.318, 2005.

B. Hubert, Comment raisonner de manière systémique l'utilisation du territoire pastoral ?, Actes du 4ème congrès international des terres de parcours. Association Française de pastoralisme, pp.1026-1043, 1991.

B. Hubert, N. Girard, J. Lasseur, and S. Bellon, Les systèmes d'élevage ovin préalpins : derrière les pratiques, des conceptions modélisables, Etudes et Recherches sur les Systèmes Agraires, vol.27, pp.351-385, 1993.

F. Husson, J. Josse, S. Lê, and J. Mazet, FactoMineR: Multivariate Exploratory Data Analysis and Data Mining with R, 2013.

, IFOAM, 2005. The IFOAM basic standards for organic production and processing. IFOAM, p.126

B. Ilbery and D. Maye, Clustering and the spatial distribution of organic farming in England and Wales, Area, vol.43, pp.31-41, 2011.

A. Joannon, Coordination spatiale des systèmes de culture pour la maîtrise de processus écologiques, Cas du ruissellement érosifs dans les bassins versants agricoles du pays de Caux, p.230, 2004.

A. Joannon, F. Papy, P. Martin, and V. Souchère, Planning work constraints within farms to reduce runoff at catchment level. Agriculture, Ecosystems & Environment, vol.111, pp.13-20, 2005.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01458442

A. Joannon, V. Souchère, P. Martin, and F. Papy, Reducing runoff by managing crop location at the catchment level, considering agronomic constraints at farm level, Land Degradation & Development, vol.17, pp.467-478, 2006.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01458444

A. Joannon, V. Souchère, and M. Tichit, Analyse de la gestion spatialisée de l'exploitation agricole à partir de l'utilisation du parcellaire, Agricultures et territoires. Hermès-Science, pp.155-174, 2005.

K. C. Kersebaum, J. Steidl, O. Bauer, and H. P. Piorr, Modelling scenarios to assess the effects of different agricultural management and land use options to reduce diffuse nitrogen pollution into the river Elbe, Physics and Chemistry of the Earth, vol.28, pp.537-545, 2003.

H. Kirchmann and L. Bergström, Do organic farming practices reduce nitrate leaching ?, Communications in Soil Science and Plant Analysis, vol.32, pp.997-1028, 2001.

B. Klöcking, B. Ströbl, S. Knoblauch, U. Maier, B. Pfützner et al., Development and allocation of land-use scenarios in agriculture for hydrological impact studies, Physics and Chemistry of the Earth, vol.28, pp.1311-1321, 2003.

M. T. Knudsen, I. B. Kristensen, J. Berntsen, B. M. Petersen, and E. S. Kristensen, Estimated N leaching losses for organic and conventional farming in Denmark, The Journal of Agricultural Science, vol.144, pp.135-149, 2006.

M. Koesling, O. Flaten, and G. Lien, Factors influencing the conversion to organic farming in Norway, International Journal of Agricultural Resources, vol.7, pp.78-95, 2008.

D. W. Kolpin, J. E. Barbash, and R. J. Gilliom, Occurrence of pesticides in shallow groundwater of the United States: Initial results from the national water-quality assessment program, Environmental Science & Technology, vol.32, pp.558-566, 1998.

A. Korsaeth and R. Eltun, Nitrogen mass balances in conventional, integrated and ecological cropping systems and the relationship between balance calculations and nitrogen runoff in an 8-year field experiment in Norway, Ecosystems & Environment, vol.79, pp.199-214, 2000.

S. P. Kristensen, J. Mathiasen, J. Lassen, H. B. Madsen, and A. Reenberg, A Comparison of the Leachable Inorganic Nitrogen Content in Organic and Conventional Farming Systems, Acta Agriculturae Scandinavica, Section B -Plant Soil Science, vol.44, pp.19-27, 1994.

Q. D. Lam, B. Schmalz, and N. Fohrer, The impact of agricultural Best Management Practices on water quality in a North German lowland catchment, Environ Monit Assess, vol.183, pp.351-379, 2011.

C. Lamine, Transition pathways towards a robust ecologization of agriculture and the need for system redesign. Cases from organic farming and IPM, Journal of Rural Studies, vol.27, pp.209-219, 2011.

C. Lamine and S. Bellon, Conversion to organic farming: a multidimensional research object at the crossroads of agricultural and social sciences. A review, Agron. Sustain. Dev, vol.29, pp.97-112, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886434

C. Lamine and S. Bellon, L'imbrication des conditions facilitant la conversion, Transitions vers l'agriculture biologique. Pratiques et accompagnements pour des systèmes innovants. Educagri-Editions Quae, pp.275-301, 2009.

C. Lamine, J. M. Meynard, N. Perrot, and S. Bellon, Analyse des formes de transition vers des agricultures plus écologiques : les cas de l'Agriculture Biologique et de la Protection Intégrée, Innovations Agronomiques, vol.4, pp.483-493, 2009.

E. Landais, Typologies d'exploitations agricoles. Nouvelles questions, nouvelles méthodes, Économie rurale, vol.236, pp.3-15, 1996.

E. Landais, J. Deffontaines, and M. Benoît, Les pratiques des agriculteurs. Point de vue sur un courant nouveau de la recherche agronomique, Études rurales, vol.109, pp.125-158, 1988.

V. Langer, Changes in farm structure following conversion to organic farminc in Denmark, American journal of alternative agriculture, vol.72, pp.75-81, 2002.

D. Läpple, Comparing attitudes and characteristics of organic, former organic and conventional farmers: Evidence from Ireland. Renewable Agriculture and Food Systems FirstView, pp.1-9, 2012.

D. Läpple and H. Kelley, Understanding the uptake of organic farming: Accounting for heterogeneities among Irish farmers, Ecological Economics, vol.88, pp.11-19, 2013.

S. Lardon and M. Capitaine, Chorèmes et graphes : Production et transformation de représentations spatiales en agronomie, vol.2, pp.195-217, 2008.

C. Laurent, F. Maxime, A. Mazé, and M. Tichit, Multifonctionnalité de l'agriculture et modèles de l'exploitation agricole, Economie rurale, pp.134-152, 2003.

F. Laurent, D. Ruelland, and M. Chapdelaine, Simulation de l'effet de changements de pratiques agricoles sur la qualité des eaux avec le modèle SWAT, vol.20, pp.395-408, 2007.

L. Houérou and B. , Transfert du fumier des cultures vers les prairies en Lorraine. Outils et méthodes pour changer de pratiques, Fourrages, vol.140, pp.471-488, 1994.

E. Ledoux, E. Gomez, J. M. Monget, C. Viavattene, P. Viennot et al., Agriculture and groundwater nitrate contamination in the Seine basin. The STICS-MODCOU modelling chain, Science of The Total Environment, vol.375, pp.33-47, 2007.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00578177

M. Lee, G. Park, M. Park, J. Park, J. Lee et al., Evaluation of non-point source pollution reduction by applying Best Management Practices using a SWAT model and QuickBird high resolution satellite imagery, Journal of Environmental Sciences, vol.22, pp.826-833, 2010.

D. Leenhardt, F. Angevin, A. Biarnès, N. Colbach, and C. Mignolet, Describing and locating cropping systems on a regional scale. A review, Agron. Sustain. Dev, vol.30, pp.131-138, 2010.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886439

J. C. Lefeuvre, D. Guiral, and V. Graffin, La prise en compte par la France des polluants chimiques et d'origine microbiologique présents dans les eaux, dans le cadre de la mise en oeuvre de la Directive Cadre sur l'eau. Muséum National d'Histoire Naturelle, p.279, 2005.

B. Lémery, Les agriculteurs dans la fabrique d'une nouvelle agriculture, Sociologie du Travail, vol.45, pp.9-25, 2003.

J. Lévy and M. Lussault, Dictionnaire de la géographie et de l'espace des sociétés, 2003.

J. M. Machet, F. Laurent, J. Chapot, T. Doré, and A. Dulout, Maîtrise de l'azote dans les intercultures et les jachères, Maîtrise de l'azote dans les agrosystèmes. INRA éditions, pp.271-288, 1997.

R. J. Macrae, S. B. Hill, G. R. Mehuys, and J. Henning, Farm-Scale Agronomic and Economic Conversion from Conventional to Sustainable Agriculture, Advances in Agronomy, pp.155-198, 1990.

S. Madelrieux and F. Alavoine-mornas, Withdrawal from organic farming in France, Agronomy for Sustainable Development, vol.33, pp.457-468, 2013.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01201367

P. Martin, De la trajectoire d'états des écosystèmes cultivés aux espaces territorialisés dynamiques : contribution à la prise en compte de la dimension temporelle dans une agronomie des territoires. Mémoire d'habilitation à diriger des recherches, p.113, 2009.

P. Martin, A. Joannon, C. Mignolet, V. Souchère, and C. Thenail, Systèmes de culture et territoires : cas des questions environnementales, L'agronomie aujourd'hui. Editions Quae, pp.253-283, 2006.

P. Martin, J. M. Meynard, C. Riou, R. Bonhomme, P. Chassin et al., Systèmes de culture, érosion et pollution des eaux par l'ion nitrate, L'eau dans l'espace ruralProduction végétale et qualité de l'eau. INRA Editions, pp.303-322, 1997.

P. Martin, F. Papy, V. Souchère, and A. Capillon, Maîtrise du ruissellement et modélisation des pratiques de production, Cahiers Agricultures, vol.7, pp.111-119, 1998.

A. Mathieu, Questions et modèles agronomiques sur l'étude des pratiques : éléments sur l'état des recherches, Le sens des pratiques. Conceptions d'agriculteurs et modèles d'agronomes. INRA Editions, pp.39-52, 2004.

A. Mathieu and A. Joannon, How farmers view their job in Pays de Caux, France: Consequences for grassland in water erosion, Environmental Science & Policy, vol.6, pp.29-36, 2003.

A. Mathieu, J. Lasseur, and J. P. Darré, Un projet d'agronomes : accéder aux conceptions des agriculteurs pour comprendre les pratiques, Le sens des pratiques. Conceptions d'agriculteurs et modèles d'agronomes. INRA Editions, pp.19-33, 2004.

F. Maxime, J. M. Mollet, and F. Papy, Aide au raisonnement de l'assolement en grande culture, Cahiers Agricultures, vol.4, pp.351-362, 1995.

A. Mazé, M. Cerf, M. L. Bail, and F. Papy, Entre mémoire et preuve : le rôle de l'écrit dans les exploitations agricoles, Natures Sciences Sociétés, vol.12, pp.18-29, 2004.

E. Mccann, S. Sullivan, D. Erickson, and R. De-young, Environmental awareness, economic orientation, and farming practices: A comparison of organic and conventional farmers, Environmental Management, vol.21, pp.747-758, 1997.

M. Medde, Protection d'aire d'alimentation de captage en eau potable contre les pollutions liées à l'utilisation de fertilisants et de pesticides, p.103, 2013.

M. Meddtl, Guide méthodologique pour la mise en oeuvre de plans d'actions agricoles sur les aires d'alimentation de captages, p.80

M. Meddtl, Memento pour la réalisation d'un diagnostic territorial des pressions agricoles, p.12, 2010.

A. Merot, J. M. Barbier, B. Del'homme, and A. Alonso-ugaglia, What brings an adaptated ESRbased integrated approach of the farm to support conversion to organic farming ?, Producing and reproducing farming systems: new modes of organisation for sustainable food systems of tomorrow, 2012.

J. M. Meynard, Construction d'itinéraires techniques pour la conduite du blé d'hiver, p.297, 1985.

J. M. Meynard, Quelles priorités pour la R & D en agriculture biologique ?, Innovations Agronomiques, vol.4, pp.495-498, 2009.

J. M. Meynard, T. Doré, and R. Habib, L'évaluation et la conception de systèmes de culture pour une agriculture durable. Comptes Rendus de l'Académie d, Agriculture de France, vol.87, pp.223-236, 2001.

J. M. Meynard, E. Justes, J. Machet, and S. Recous, Fertilisation azotée des cultures annuelles de plein champ, Maîtrise de l'azote dans les agrosystèmes. INRA éditions, pp.183-199, 1997.

C. Mignolet, C. Schott, and M. Benoît, Spatial dynamics of farming practices in the Seine basin: Methods for agronomic approaches on a regional scale, Science of The Total Environment, vol.375, pp.13-32, 2007.

A. Mollard, A. Lacroix, F. Bel, C. Grappey, G. Vachaud et al., Agriculture durable et pollutions diffuses dans la plaine de Bièvre. Modélisation des transferts d'eau et d'azote vers la nappe et modalités de régulation économique, 2000.

K. Mondelaers, J. Aertsens, and G. Van-huylenbroeck, A meta-analysis of the differences in environmental impacts between organic and conventional farming, British Food Journal, vol.111, pp.1098-1119, 2009.

F. Morari, E. Lugato, and M. Borin, An integrated non-point source model-GIS system for selecting criteria of best management practices in the Po Valley, Ecosystems & Environment, vol.102, pp.247-262, 2004.

P. Morlon, G. Trouche, C. T. Soulard, J. L. Maigrot, and P. O. Guyard, Diagnostic de la pollution azotée de l'eau par approche historique multi-échelles. Une étude de cas dans le département de l'Yonne, Cahiers Agricultures, vol.7, pp.15-27, 1998.

C. H. Moulin, S. Ingrand, J. Lasseur, S. Madelrieux, M. Napoléone et al., Comprendre et analyser les changements d'organisation et de conduite de l'élevage dans un ensemble d'exploitations: propositions méthodologiques, L'élevage en mouvement. Flexibilité et adaptation des exploitations d'herbivores, pp.181-196, 2008.

T. Nesme, S. Bellon, F. Lescourret, and R. Habib, Survey-based analysis of irrigation and N fertilisation practices in apple orchards, Agron. Sustain. Dev, vol.26, pp.215-225, 2006.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886349

T. Nesme, S. Bellon, F. Lescourret, R. Senoussi, and R. Habib, Are agronomic models useful for studying farmers' fertilisation practices?, Agricultural Systems, vol.83, pp.297-314, 2005.
DOI : 10.1016/j.agsy.2004.05.001

T. Nesme, S. Brunault, A. Mollier, and S. Pellerin, An analysis of farmers' use of phosphorus fertiliser in industrial agriculture: a case study in the Bordeaux region (south-western France), Nutrient Cycling in Agroecosystems, vol.91, pp.99-108, 2011.

M. Oelofse, H. Høgh-jensen, L. Abreu, G. Almeida, A. El-araby et al., Organic farm conventionalisation and farmer practices in China, Brazil and Egypt. Agronomy for Sustainable Development, vol.31, pp.689-698, 2011.
DOI : 10.1007/s13593-011-0043-z

URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00930515

. Onema, La reconquête du bon état des eaux et des milieux aquatiques. De l'état des eaux en 2009 aux objectifs 2015, p.4, 2010.

H. S. Østergaard, B. Stougaard, and C. Jensen, Nitrate Leaching Depending on Cropping Systems. Biological Agriculture & Horticulture, vol.11, pp.173-179, 1995.

S. Padel, Conversion to Organic Farming: A Typical Example of the Diffusion of an Innovation?, Sociologia Ruralis, vol.41, pp.40-61, 2001.

G. Paillotin, L'agriculture raisonnée, p.41, 2000.

F. Papy, Savoir pratique sur les systèmes techniques et aide à la décision, First European convention on Farming systems research / extension. CAB international, 1994.

F. Papy, Agriculture et organisation du territoire par les exploitations agricoles : enjeux, concepts, questions de recherche. Comptes Rendus de l'Académie d, Agriculture de France, vol.85, pp.233-244, 1999.

F. Papy, Interdépendance des systèmes de culture dans l'exploitation, Modélisation des agroécosystèmes et aide à la décision. CIRAD-INRA, pp.51-74, 2001.

F. Papy, Pour une théorie du ménage des champs: L'agronomie des territoires. Académie d'agriculture de France, p.11, 2001.

H. Renting, W. A. Rossing, J. C. Groot, J. D. Van-der-ploeg, C. Laurent et al., Exploring multifunctional agriculture. A review of conceptual approaches and prospects for an integrative transitional framework, Journal of Environmental Management, vol.90, pp.112-123, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01197820

J. Reus, P. Leendertse, C. Bockstaller, I. Fomsgaard, V. Gutsche et al., Comparison and evaluation of eight pesticide environmental risk indicators developed in Europe and recommendations for future use, Ecosystems & Environment, vol.90, pp.177-187, 2002.

D. Rigby, T. Young, and M. Burton, The development of and prospects for organic farming in the UK, Food Policy, vol.26, pp.599-613, 2001.

J. Sainte-beuve, Etude des déterminants de conversion à l'agriculture biologique et production de références économiques, p.136, 2010.

E. Scheller and H. Vogtmann, Case studies on nitrate leaching in arable fields of organic farms, Biological Agriculture & Horticulture, vol.11, pp.89-102, 1995.

J. J. Schröder, W. Van-dijk, and W. J. De-groot, Effects of cover crops on the nitrogen fluxes in a silage maize production system, Netherlands Journal of Agricultural Science, vol.44, pp.295-315, 1996.

J. Schuchardt, La protection des ressources en eau par une collectivité. L'exemple de la ville de Munich, Colloque CGAAER, pp.45-50, 2010.

M. Sebillotte, Agronomie et agriculture. Essai d'analyse des tâches de l'agronome, Cahiers ORSTOM, série Biologie, vol.24, pp.3-25, 1974.

M. Sebillotte, Système de culture, un concept opératoire pour les agronomes, INRA Editions, pp.165-196, 1990.

M. Sebillotte and J. M. Meynard, Systèmes de culture, systèmes d'élevage et pollutions azotées, Nitrates, agriculture, eau. INRA, pp.289-312, 1990.

M. Sebillotte and L. G. Soler, Les processus de décision des agriculteurs, Modélisation systémique et systèmes agraires. Décisions et organisations. INRA éditions, 1990.

, Abandon de captages utilisés pour la production d'eau destiné à la consommation humaine, p.22, 2012.

H. A. Simon, Models of man: social and rational, p.246, 1957.

S. M. Smukler, L. E. Jackson, L. Murphree, R. Yokota, S. T. Koike et al., Transition to large-scale organic vegetable production in the Salinas Valley, Ecosystems & Environment, vol.126, pp.168-188, 2008.

2. Soes and F. L'environnement-en, Ministère de l'Ecologie, de l'Energie, du Développement Durable et de la Mer, p.138, 2010.

, Etat des lieux quantitatif et qualitatitf de la nappe de Bièvre Liers Valloire, SOGREAH, p.86, 2008.

V. Souchère, C. King, N. Dubreuil, V. Lecomte-morel, Y. Le-bissonnais et al., Grassland and crop trends: role of the European Union Common Agricultural Policy and consequences for runoff and soil erosion, Environmental Science & Policy, vol.6, pp.7-16, 2003.

C. T. Soulard, Les agriculteurs et la pollution des eaux : proposition d'une géographie des pratiques, p.417, 1999.

C. T. Soulard, Les agriculteurs et la pollution des eaux. Proposition d'une géographie des pratiques, Natures Sciences Sociétés, vol.13, pp.154-164, 2005.

M. Stolze, A. Piorr, A. M. Häring, and S. Dabbert, Environmental impacts of organic farming in Europe, p.127, 2000.

C. Stopes, E. I. Lord, L. Philipps, and L. Woodward, Nitrate leaching from organic farms and conventional farms following best practice, Soil Use and Management, vol.18, pp.256-263, 2002.

O. Strebel, W. H. Duynisveld, and J. Böttcher, Nitrate pollution of groundwater in western, Ecosystems & Environment, vol.26, pp.189-214, 1989.

L. Sutherland, Effectively organic": Environmental gains on conventional farms through the market?, Land Use Policy, vol.28, pp.815-824, 2011.

A. Wezel, S. Bellon, T. Doré, C. Francis, D. Vallod et al., Agroecology as a science, a movement and a practice. A review, Agronomy for Sustainable Development, vol.29, pp.503-515, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00886499

G. A. Wilson, From 'weak' to 'strong' multifunctionality: Conceptualising farm-level multifunctional transitional pathways, Journal of Rural Studies, vol.24, pp.367-383, 2008.

. .. Annexe-1--lexique,

, Compléments sur la démarche de gestion sur les AAC

, Eléments complémentaires de contexte pour l'AAC de Péronnas

, Présentation des exploitations enquêtées sur le territoire de Lapeyrouse-Mornay, p.259

, Présentation des exploitations enquêtées pour le terrain de Péronnas

. Annexe,

, Calcul des indicateurs de pression

, Points techniques identifiés lors des entretiens

, Des grilles techniques différentes en fonction des systèmes de production

, Annexe 11, Correspondances entre les modalités d'organisation des systèmes de culture et les principes d'action

, Modalités d'organisation et principes d'action par agriculteurs

, Description des groupes issus de l'analyse multivariée sur le terrain de Péronnas, p.312

, Figures complémentaires pour l'article « Heterogeneity and spatial distribution of cropping systems in drinking water catchments »

, Synthèse des facteurs de pressions par échelles d'analyse sur les deux terrains, p.322

, Points techniques identifiés lors des entretiens chez les agriculteurs biologiques, p.325

, Correspondances entre les modalités d'organisation des systèmes de culture et les principes d'action chez les agriculteurs biologiques

, Spécificités des principes d'action en AB : ce qu'en disent les agriculteurs biologiques, p.339

, Annexe 21, Description des facteurs à l'origine de la transition vers l'AB par les agriculteurs biologiques

, Facteurs de production et postures techniques sur le terrain de Lapeyrouse-Mornay, p.345

, Facteurs de production et postures techniques sur le terrain de Péronnas

, Quelles sont les productions sur l'exploitation ? Productions prioritaires ? 'exploitation ? Race(s)

, Pouvez-vous me décrire le troupeau par classes d'effectifs ? Nombre d'UGB Comment se fait le renouvellement de l'effectif ? Quelle production laitière sur l'exploitation ? Quotas Production totale par rapport aux quotas Production par VL

, Pouvez-vous me décrire votre système d'alimentation ? Périodes en bâtiments pendant l'année Rations VL Evolution de la ration au cours de l'année Quantité de concentré par VL/jour Rations génisses Autosuffisance en aliments Des aliments achetés Autosuffisant pour l

, Mise aux normes ? Quels sont les effluents produits sur l'exploitation ? Quelles quantités produites chaque année ? Nombre d'épandeurs ? Comment stockez-vous les effluents d'élevage sur l'exploitation ? Ouvrages de stockage Types d'effluents Volume de stockage Volume suffisant ? Quand videz-vous ces ouvrages ? Comment gérez-vous les effluents avant épandage ? Pratiques de compostage Comment se fait l'épandage des effluents ? Où ? Sur quelles surfaces ? Sur un type de parcelles en particulier ? Quand dans l'année ? Des analyses d'effluents ? Productions végétales Quelles sont les cultures sur l'exploitation ? Pour chaque culture Sole sur les dernières années Sole habituelle et variations Niveaux de rendements pour la culture Rendements moyens et variations Des rendements objectifs ?, Pouvez-vous me décrire les bâtiments d'élevage sur l'exploitation ? Différents bâtiments Type de logements par bâtiment Evolution récente de ces bâtiments

, Pouvez-vous me décrire l'organisation du territoire d'exploitation ? Différents blocs sur l'exploitation Localisation du centre d'exploitation / des bâtiments annexes Comment faîtes-vous votre assolement chaque année ? Variation forte des sols par cultures ? Utilisation d'un cahier avec les assolements par parcelles ? Quelles informations utilisez-vous ?

, Quelles sont les différentes successions de culture sur l'exploitation ? Comment sont-elles construites ? Localisation des successions sur le territoire d'exploitation Variations des successions / des couples précédents-suivant ? Pourquoi ces variations ? Quelles infos prises en compte ? Durée d'implantation de la prairie Différents types de prairies sur l'exploitation ? Où sont-elles localisées ?

, Comment raisonnez-vous la fertilisation azotée / la gestion des mauvaises herbes / des maladies / des ravageurs sur vos cultures ? Eléments pris en compte Origine des informations mobilisées Recours à des techniciens Vos pratiques varient-elles beaucoup d'une année sur l'autre ? Vos pratiques varient-elles beaucoup d

, Faîtes-vous appel à des techniciens pour du conseil technique ? Qui ? Pour quelles opérations ? Fréquence des rencontres Avis général par rapport à la qualité du conseil obtenu

, Pouvez-vous me décrire vos cahiers d'enregistrements ? Prévisionnel et/ou réalisé ? Des écarts entre le prévisionnel et le réalisé ? Comment et par qui ce cahier est-il rempli ?

M. Benoît, F. Papy, C. Riou, R. Bonhomme, P. Chassin et al., Pratiques agricoles et qualité de l'eau sur le territoire alimentant un captage, L'eau dans l'espace ruralProduction végétale et qualité de l'eau. INRA Editions, pp.323-338, 1997.

M. S. Castellazzi, G. A. Wood, P. J. Burgess, J. Morris, K. F. Conrad et al., A systematic representation of crop rotations, Agricultural Systems, vol.97, pp.26-33, 2008.

F. Maxime, J. M. Mollet, and F. Papy, Aide au raisonnement de l'assolement en grande culture, Cahiers Agricultures, vol.4, pp.351-362, 1995.

, Cette méthode est intéressante car elle permet de mieux analyser l'ensemble de la stratégie de l'exploitant à l'échelle du système de culture, des IFT cultures de la rotation et en y rajoutant les IFT relatifs aux traitements effectués lors des périodes d'intercultures

C. Amossé, M. Jeuffroy, B. Mary, and C. David, Contribution of relay intercropping with, 2014.

N. Beaudoin, J. K. Saad, C. Van-laethem, J. M. Machet, J. Maucorps et al., Nitrate leaching in intensive agriculture in Northern France: Effect of farming practices, soils and crop rotations, Ecosystems & Environment, vol.111, pp.292-310, 2005.

M. Benoît, Un indicateur des risques de pollution azotée nommé BASCULE (balance azotée spatialisée des systèmes de culture de l'exploitation), Fourrages, vol.129, pp.95-110, 1992.

G. Carlsson and K. Huss-danell, Nitrogen fixation in perennial forage legumes in the field, Plant and Soil, vol.253, pp.353-372, 2003.

, Bilan d'azote à l'exploitation. Ministère de l'Agriculture et de la Foret, p.35, 1988.

, Estimation des flux d'azote, de phosphore et de potassium associés aux vaches laitières et à leur système fourrager, 1999.

, Le haricot, la luzerne et le pois protéagineux. Ministère de l'agriculture et de la pêche, p.49, 1999.

, Estimation des flux d'azote, de phosphore et de potassium associés aux bovins allaitants et aux bovins en croissance, issus des troupeaux allaitants et laitiers, et à leur système fourrager, p.34, 2001.

, DeXeL, diagnostic environnemental de l'exploitation d'élevage. Méthode et référentiel, DEXEL, p.82, 2006.

A. Farruggia, P. Castillon, A. Le-gall, and M. Cabaret, Proposition d'une méthode de calcul permettant de raisonner la fertilisation azotée des prairies, Fourrages, vol.164, pp.355-372, 2000.

J. M. Machet, F. Laurent, J. Chapot, T. Doré, and A. Dulout, Maîtrise de l'azote dans les intercultures et les jachères, Maîtrise de l'azote dans les agrosystèmes. INRA éditions, pp.271-288, 1997.

N. Pingault, Améliorer la qualité de l'eau: un indicateur pour favoriser une utilisation durable des produits phytosanitaires. Rapport du Ministère de l'Agriculture présenté à l'Atelier OCDE à Washington sur les Indicateurs de développement, de suivi et d'analyse des politiques agroenvironnementales, p.10, 2007.

D. S. Powlson, P. R. Poulton, T. M. Addiscott, and D. S. Mccann, Leaching of nitrate from soils receiving organic or inorganic fertilizers continuously for 135 Years, Nitrogen in Organic Wastes, pp.334-345, 1989.

, Modalités d'organisation et principes d'action par agriculteurs

G. Brunschwig, E. Josien, and C. Bernhard, Contraintes géographiques et modes d'utilisation des parcelles en élevage bovin laitier et allaitant, Fourrages, vol.185, pp.83-95, 2006.

A. Gibon, Etudier la diversité des exploitations agricoles pour appréhender les transformations locales de l'utilisation de l'espace: l'exemple d'une vallée du versant Nord des Pyrénées centrales, Options Méditerranéennes Série B, pp.197-215, 1999.

, Des différences structurelles fortes sont identifiées entre les groupes A et E. Au contraire, les exploitations des groupes B, C et D présentent des structures semblables, Tableau, vol.37