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Theses Year : 2016

QTL detection and genomic selection of maternal performance of suckling cows

Détection de QTL et sélection génomique des qualités maternelles des vaches allaitantes

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Abstract

Reproduction, calving and milking performance of beef cows are included in maternal performance which are of major economic importance for beef cattle breeding. Beef cattle selection schemes use the progeny station tool to measure these phenotypes for the selection of the best insemination bulls. This coupled with the rapid ease of access to beef cattle genomic information, creates new opportunities for a more efficient selection of maternal performance. In this study, near 2 000 females with individual maternal performance were genotyped with low density chip (7 660 SNP) in two beef breeds, Blonde d'Aquitaine and Limousine. The genotypes were imputed in high density (more than 700 000 SNP). QTL detection was performed within breed with a Bayesian approach to test the association of the imputed genotypes and the performance. Among the QTL regions identified, a total of 41 candidate genes were proposed for sexual precocity (6), calving (11), milk performance (21) and maternal behavior (3). Several genomic selection methods were compared for maternal performance traits in Blonde d'Aquitaine breed. Minor differences of accuracy were found between single-trait evaluation methods. The "Single Step Genomic BLUP" multi-trait combining records from station and farm gave the more accurate genetic values for sorting bulls. Several genomic values accuracy improvements were proposed. The conditions of use of these indexes and the evolution of the selection scheme of maternal traits and the related tools are discussed.
Les performances de reproduction, vêlage et allaitement des vaches forment les qualités maternelles qui sont d'une importance économique majeure en élevage allaitant. Les programmes de sélection des bovins allaitants utilisent l'outil de station de contrôle sur descendance pour mesurer ces phénotypes et identifier les meilleurs reproducteurs mâles afin de les diffuser par insémination animale. Avec la plus grande accessibilité à l'information génomique des animaux, il existe de nouvelles opportunités pour une sélection plus efficace des qualités maternelles. Près de 2 000 femelles phénotypées pour les qualités maternelles, ont été génotypées en basse densité (7 660 SNP) dans chacune des races Blonde d'Aquitaine et Limousine. Les génotypes ont été imputés en haute densité (plus de 700 000 SNP). Des détections de QTL ont été conduites intra-race en testant par approche bayésienne l'associatio de ces génotypes imputés avec les performances. Parmi les régions QTL identifiées un total de 41 gènes candidats a été proposé pour la précocité sexuelle (6), le vêlage (11), l'allaitement (21) et l'instinct maternel (3). Plusieurs méthodes de sélection génomiques ont été comparées pour les caractères des qualités maternelles en race Blonde d'Aquitaine. Des différences mineures de précision ont été constatées entre les méthodes en évaluation unicaractère. Le « Single Step Genomic BLUP » multi-caractère combinant les données collectées en station et en ferme fournit les valeurs génétiques les plus précises pour le choix des reproducteurs. Plusieurs pistes d'amélioration de la précision des index génomiques ont été proposées. Les modalités d’utilisation de ces index et d’évolution des outils et programmes de sélection des qualités maternelles sont également discutées
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Cite

Alexis Michenet. Détection de QTL et sélection génomique des qualités maternelles des vaches allaitantes. Génétique animale. Université Paris Saclay (COmUE), 2016. Français. ⟨NNT : 2016SACLA008⟩. ⟨tel-02923447⟩
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