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Theses Year : 2020

Importance of re-domestication for agrobiodiversity conservation : the case of chestnut tree

Importance de la re-domestication pour la conservation de l'agrobiodiversité : le cas du châtaignier

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Abstract

In the past 50 years, the erosion of agrobiodiversity has been observed on a global scale. Various conservation strategies were implemented, but failed to halt its decline. As an agro-ecological transition is urgently needed, agrobiodiversity conservation choices are being questioned with a new urgency: « What should be conserved? » and « How to conserve? ». Perennial species of minor economic value are receiving renewed interest due to their adaptation to certain marginal and changing environments, or their nutritional qualities. Poorly conserved ex situ, dynamic management is often considered as the best option for conserving the genetic diversity of perennial species, but is challenging in practice. The objective of this thesis is to understand the importance of chestnut re-domestication – the reappropriation of local or regional populations of an abandoned species in a marginal production context – for agrobiodiversity conservation.I have developed a multidisciplinary approach based on tools specific to population genetics and social sciences. Firstly, I (i) identified the stakeholders who are interested (or disinterested) in this agrobiodiversity, and (ii) characterized this agrobiodiversity in terms of neutral genetic diversity, at the scale of France. Then, I (iii) compared the characterization of agrobiodiversity by genetic tools with those of local stakeholders and conducted interviews and participant observations that (iv) showed the main valuations of chestnut tree. The conservation of chestnut agrobiodiversity by traditional means is weakened by the gradual disengagement of the State, and local associations are being organized with the intention of contributing to conservation. Genotyping of cultivated and forest chestnut trees with microsatellite markers reveals a medium genetic diversity of chestnut trees in France, and a lack of structuring in genetic diversity between forest and cultivated chestnut trees. Irrespective of the forest or cultivated character of chestnut trees, a clear structure was detected in two genetic clusters, which was then subdivided into six sub-clusters. The main clusters can be interpreted partly in terms of geographical distance, but one cluster contained samples from many different regions. Phylogenetic and clonal analysis showed a good correspondence between variety names and genetics. Most of the genotyped varieties appeared polyclonal and some were transported over long distances. J. Dewey's valuation theory was used as a framework for interpreting the comprehensive interviews and participating observations carried out in two associations in Ariège and Hautes-Pyrénées.This framework allows to understand what do local stakeholders involved in these associations care about when they engage in chestnut re-domestication. Five main valuing processes were identified: cultivated diversity, nature inheriting, decision-making and technical empowerment, development of relationships with the living and collective action. The results suggest that chestnut re-domestication is based on a diversity of ways of valuing. In cases where local stakeholders come to value some chestnut trees and varieties rather than others, they are likely to participate in their conservation. The re-domestication of local or regional populations of a cultivated species is not systematically the result of a dynamic management. However, stakeholders aiming at conserving agrobiodiversity can use local re-domestication initiatives to implement such dynamic management.
Depuis près de 50 ans, l’érosion de l’agrobiodiversité est constatée à l’échelle globale. Différentes stratégies de conservation ont été mises en œuvre, sans toutefois parvenir à enrayer son déclin. À l’heure d’une nécessaire transition agroécologique, les choix de conservation de l’agrobiodiversité sont questionnés avec une nouvelle acuité : « que conserver ? » et « comment conserver ? ». Les espèces pérennes mineures (en terme économique) bénéficient d’un regain d’intérêt du fait de leur adaptation à certains environnements marginaux et changeants, ou encore de leurs qualités nutritionnelles. Peu conservées ex situ, la gestion dynamique est souvent considérée comme la meilleure stratégie pour conserver leur diversité génétique. Néanmoins, sa mise en pratique pose de nombreuses questions. L’objectif de cette thèse est de comprendre l’importance que peut avoir la re-domestication du châtaignier, définie comme la réappropriation de populations locales d’une espèce abandonnée ou en contexte de production marginal, pour conserver l’agrobiodiversité.J’ai développé une approche pluridisciplinaire en mobilisant des outils propres à la génétique des populations et aux sciences humaines et sociales. Dans un premier temps, j’ai (i) identifié les actrices et acteurs qui s’intéressent (ou se désintéressent) de cette agrobiodiversité, et (ii) caractérisé cette agrobiodiversité sur le plan de la diversité génétique neutre, à l’échelle de la France. Ces deux aspects en toile de fond, j’ai ensuite (iii) comparé la caractérisation de l’agrobiodiversité par l’approche génétique avec celle réalisée par les initiatives étudiées et réalisé des entretiens et observations participantes qui ont permis de (iv) révéler les principales manières de valuer le châtaignier. La conservation de la diversité génétique du châtaignier est rendue fragile par le désengagement progressif de l’État et des associations s’organisent avec l’intention de la conserver. Le génotypage de châtaigniers cultivés et forestiers à l’aide de marqueurs de type microsatellites révèle une diversité génétique moyenne du châtaignier en France et une absence de structuration de la diversité génétique entre châtaigniers forestiers et cultivés. Indépendamment du caractère forestier ou cultivé des châtaigniers, une structuration nette a été détectée en deux groupes génétiques, qui se subdivisent ensuite en six sous-groupes. La distance géographique explique partiellement la différence génétique entre les principaux groupes. L’analyse phylogénétique et clonale a montré une bonne correspondance entre les noms de variétés et la différenciation génétique. La plupart des variétés génotypées apparaissent polyclonales dans l’échantillonnage effectué et certaines d’entre elles ont été transportées sur de longues distances. La théorie de la valuation de J. Dewey a servi de cadre d’interprétation des entretiens compréhensifs et des observations participantes réalisés auprès de deux associations en Ariège et Hautes-Pyrénées. Elle permet d’appréhender ce à quoi tiennent les actrices et acteurs impliqués dans ces associations lorsqu’elle‧il‧s redomestiquent le châtaignier. L’analyse révèle cinq manières de valuer le châtaignier : la diversité cultivée, la patrimonialisation de la nature, l’autonomisation décisionnelle et technique, le développement de relations avec le vivant et l’action collective. Les résultats suggèrent que la re-domestication du châtaignier repose sur une diversité de valuations. Dans les cas où les actrices et acteurs de terrain en viennent à attacher de l’importance à certains châtaigniers et variétés plutôt qu’à d’autres, elle‧il‧s sont susceptibles de participer à la conservation de l’agrobiodiversité. La re-domestication de populations locales ou régionales d’une espèce n’est pas directement assimilable à une gestion dynamique. (Suite et fin du résumé dans la thèse)
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tel-03439538 , version 1 (22-11-2021)

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Cite

Cathy Bouffartigue. Importance de la re-domestication pour la conservation de l'agrobiodiversité : le cas du châtaignier. Sciences agricoles. Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2020. Français. ⟨NNT : 2020IAVF0016⟩. ⟨tel-03439538⟩
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