Study of the avian salmonella contribution to human salmonellosis in Chad : Example of the capital, N'Djamena - Archive ouverte HAL Access content directly
Theses Year : 2013

Study of the avian salmonella contribution to human salmonellosis in Chad : Example of the capital, N'Djamena

Etude de la contribution des salmonelles aviaires aux salmonelloses humaines au Tchad : Cas de la ville capitale, N'Djamena

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Abstract

Salmonella are linked to many food-borne diseases worldwide. They are also considered to be one of the main pathogens causing human gastroenteritis. The main objective of this study was to update the prevalence and antimicrobial resistance characteristics of Salmonella isolated from poultry and from humans experiencing gastroenteritis in N'Djamena, Chad. The results collected during this study provide the first baseline data on the prevalence of contamination by Salmonella in humans suffering from diarrhoea, as well as in laying hens and broiler chicken farms in N'Djamena. Samples were collected on one hand from five hospitals another and on another hand from sixteen poultry farms, both over two periods of six months each: from August 2010 to January 2011 and from September 2011 to February 2012. Diagnostic methods carried out during this study led to the isolation of one hundred and thirty nine Salmonella strains, belonging to forty two different serotypes. Salmonella Colindale was the most prevalent serovar (13.6 % of the isolates belonged to this serovar), followed by Salmonella Minnesota (10.8 %), Salmonella Stanleyville (5.8 %), Salmonella Havana and Kottbus (5 % each), Salmonella Idikan (4.3 %), Salmonella Riggil and Anatum (3.6 % each). Other serotypes were under-represented. The majority of these isolates were susceptible to all antibiotics tested (CLSI Standards), except some Salmonella Colindale avian isolates that exhibited a decreased susceptibility to nalidixic acid, ofloxacin and enrofloxacin, two S. Enteritidis human isolates resistant to nalidixic acid, ofloxacin and ciprofloxacin, a S. Limete avian isolate resistant to three antibiotics and 15 S. Minnesota avian isolates resistant to five different antimicrobial classes. In order to evaluate the phylogenetic relationships and to find epidemiological links between human and avian strains isolated in the same period of time and in the same region, a total of 139 Salmonella isolates found in humans and poultry in this study were characterised by ERIC-PCR and IS200-PCR. The PCR analysis was followed by macrorestriction analysis (PFGE) of genomic DNA from 22 common isolates of Salmonella serotypes encountered in both humans and poultry with XbaI enzyme. PCR results demonstrated that, in the context of this epidemiological study, ERIC- and IS200-PCR methods can be used effectively to limit the number of isolates that have to be serotyped. The comparison of ERIC-PCR, IS200-PCR, PFGE and antimicrobial susceptibility profiles among isolates from human and avian origins has highlighted, on one hand, the indirect evidence of human contamination sources by Salmonella serovars from poultry farms, and on the other hand the diversity of sources and potential reservoirs of Salmonella strains in the N'Djamena city.
Les salmonelles sont liées à de nombreuses maladies infectieuses d'origine alimentaire dans le monde. Elles sont aussi considérées comme l'un des principaux agents pathogènes responsables de gastro-entérite humaine. L'objectif principal de notre étude était de mettre à jour la prévalence de contamination et l'état de l'antibio-résistance des souches Salmonella isolées chez les humains et chez les volailles dans la ville de N'Djamena, capitale du Tchad. Les résultats obtenus au terme de cette étude, offrent les premières données de prévalence de contamination par les salmonelles chez les humains et dans les élevages de poules pondeuses et de poulets de chair à N'Djamena. Tous les échantillons étaient collectés au sein de 5 hôpitaux et de 16 fermes avicoles, sur deux périodes de six mois chacune: de Août 2010 à Janvier 2011 et de Septembre 2011 à Février 2012. L'ensemble des méthodes et techniques de diagnostics réalisées a permis d'isoler chez les humains et chez les volailles, cent trente neuf souches de salmonelles, appartenant à quarante deux sérotypes différents. Salmonella Colindale était le sérotype majoritaire (13,6 %), suivi par S. Minnesota (10,8 %), S. Stanleyville (5,8 %), S. Havana, Kottbus (5 %), S. Idikan (4,3 %), S. Riggil, Anatum (3,6 %). Les autres sérotypes étaient très peu représentés. La majorité de ces sérotypes était sensible à la gamme d'antibiotiques testée (Normes CLSI), sauf quelques isolats aviaires de S. Colindale qui avaient présenté une sensibilité diminuée à l'acide nalidixique, à l'ofloxacine et à l'enrofloxacine, 1 isolat aviaire de Salmonella Limete résistant à trois antimicrobiens, deux isolats humains de Salmonella Enteritidis résistants à l'acide nalidixique, à l'ofloxacine et à la ciprofloxacine et 15 isolats aviaires de Salmonella Minnesota résistants à au moins cinq classes différentes d'antimicrobiens. Dans le but d‘évaluer les relations phylogénétiques et de trouver des liens épidémiologiques entre les souches humaines et aviaires isolées au cours de la même période et dans la même ville, 139 isolats de Salmonella trouvés chez les humains et chez les volailles dans cette étude ont été caractérisés par ERIC-PCR et IS200-PCR. L'analyse PCR a été suivie par l'analyse de macrorestriction (PFGE) de l'ADN génomique issu de 22 isolats communs de sérovars de Salmonella rencontrés à la fois chez les humains et chez les volailles avec l'enzyme XbaI. Les résultats de la PCR ont montré que, dans le cadre de cette étude épidémiologique, les méthodes Eric- et IS200-PCR peuvent être utilisées efficacement pour limiter le nombre d'isolats qui doivent être sérotypés. La comparaison des profils d'Eric-types, d'IS-types, de pulsotypes et de susceptibilité aux antimicrobiens des isolats d'origines humaines et aviaires a mis en évidence, d'une part, la preuve indirecte des sources de contamination humaine par les sérovars de Salmonella à partir des fermes de volailles et d'autre part, la diversité des sources et réservoirs potentiels des souches de Salmonella dans la ville de N'Djamena.
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Cite

Djim-Adjim Tabo. Etude de la contribution des salmonelles aviaires aux salmonelloses humaines au Tchad : Cas de la ville capitale, N'Djamena. Médecine humaine et pathologie. AgroParisTech, 2013. Français. ⟨NNT : 2013AGPT0059⟩. ⟨tel-03500894⟩
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