For a sustainable management of the genetic variability of livestock populations by combining in situ and ex situ strategies - Archive ouverte HAL Access content directly
Theses Year : 2012

For a sustainable management of the genetic variability of livestock populations by combining in situ and ex situ strategies

Gestion durable de la variabilité génétique des ruminants domestiques : approches in situ et ex situ

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Abstract

In France, the preservation and the management of the genetic variability of ruminants' breeds is an important field of research and activity. The French experience combines effective field actions; ex situ conservation thanks to the French national Cryobank; methodological researches resulting in practical recommendations; development of genetic variability indicators and corresponding software. This study is an assessment of the in situ actions of conservation and management of genetic variability via the estimation of indicators, and an evaluation of the collections of the national Cryobanque with various criteria.Thanks to an assessment of the genetic variability based on the pedigrees of 69 ruminants breeds selected in France, we found four major factors explaining variation of the values of the indicators of genetic variability. They are: the rate of IA; the number of reproducing females; the genetic variability management systems; the existence of the introgression of foreign genes. These factors vary strongly depend on the industry considered: dairy cattle, dairy small ruminants, beef cattle, sheep and rare breeds.An evaluation of the Cryobank sampling strategies shows that, for dairy cattle, the sampling is efficient, but it could be improved by selecting the Cryobank candidates mostly on the least selected traits. For meat breeds, the sampling is less successful. The Cryobank candidates are restricted to AI males, which remain a minority of the breeding males. As for the reintroduction of cryoconserved material in selected populations, a simulation shows that it is effective only if carried on with a change in the selection objectives. For rare or less selected breeds, ex situ conservation turn out to be effective to preserve the breeds' genetic variability.Genetic variability indicators can be used more appropriately, thanks to our study. A follow up will be the VARUME project. The main goal of this project is to automate the genetic variability indicators, for all ruminant breeds with pedigrees. As for the French Cryobank, various projects, including VARUME and CRB-Anim, will allow a better valuation and optimization of its collections.
En France, la conservation et la gestion de la variabilité génétique des populations de ruminants est un champ important de recherche et d'activité. L'expérience française combine des actions de terrain efficaces ; la préservation des populations ex situ grâce à la Cryobanque nationale ; des recherches méthodologiques débouchant sur des recommandations pratiques ; le développement d'indicateurs de la variabilité génétique des populations et de logiciels correspondants. Cette étude propose d'élaborer un bilan des actions de gestion et conservation de la variabilité génétique réalisées in situ via le calcul d'indicateurs, et l'évaluation des collections de la Cryobanque nationale à partir de différents critères.A partir de bilans de variabilité génétique, réalisés à partir des généalogies de 69 populations de ruminants sélectionnés en France, quatre facteurs majeurs expliquent la variation des valeurs des indicateurs de variabilité. Ce sont : le taux de pénétration de l'IA ; l'effectif des reproducteurs ; les systèmes de gestion de la diversité ; l'existence ou non d'introgression de gènes étrangers. Ces facteurs varient fortement suivant les filières considérées : bovins laitiers, petits ruminants laitiers, bovins allaitants, ovins allaitants et races à petits effectifs.Une évaluation des dispositifs d'échantillonnage de la Cryobanque montre, pour les bovins laitiers, l'efficacité du dispositif, mais qu'il pourrait être amélioré en échantillonnant les candidats à la Cryobanque principalement pour les caractères les moins sélectionnés. Pour les races allaitantes, le bilan est plus mitigé. Les candidats aux collections sont limités aux mâles prélevés en centre d'IA or ils restent une minorité des reproducteurs. Quant à la réintroduction de matériel cryoconservé dans des populations fortement sélectionnées, une simulation montre qu'elle ne peut être efficace qu'accompagnée d'un changement des objectifs de sélection. Pour les races menacées ou faiblement sélectionnées, la conservation de gènes ex situ pour préserver la variabilité génétique s'avère en revanche très efficace.Les travaux réalisés permettent de mieux utiliser les indicateurs de variabilité génétique. Une suite à cette étude est le projet VARUME. Il est proposé d'automatiser la mise à jour de ces indicateurs de variabilité génétique pour toutes les populations de ruminants avec des pedigrees. Pour la Cryobanque, une meilleure valorisation et optimisation des collections est envisagée à travers différents projets, dont VARUME et CRB-Anim.
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  • HAL Id : tel-03603329 , version 1

Cite

Coralie Danchin-Burge. Gestion durable de la variabilité génétique des ruminants domestiques : approches in situ et ex situ. Génétique animale. AgroParisTech, 2012. Français. ⟨NNT : 2012AGPT0063⟩. ⟨tel-03603329⟩
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